Svarbiausieji Direkcijos veiklos tikslai:
- Išsaugoti kraštovaizdį, gamtos ir kultūros paveldo vertybes.
- Išsaugoti gamtinės ekosistemos stabilumą, biologinę įvairovę (unikalias ekosistemas, rūšis ir natūralias buveines) bei jų stabilumą.
- Sudaryti sąlygas moksliniams tyrimams kraštovaizdžio, biologinės įvairovės, gamtos ir kultūros paveldo apsaugos srityse; sukurti ir vykdyti reprezentatyvią kompleksinės ekologinės stebėsenos (monitoringo) sistemą.
- Propaguoti Aukštaitijos etnografinio regiono etnokultūros tradicijas, gamtos ir kultūros paveldo vertybes, vietoves.
- Sudaryti sąlygas rekreacijai, pažintiniam turizmui.
- Užtikrinti viešąjį administravimą.
- Įgyvendinti kitus teisės aktuose nustatytus tikslus.
Direkcija, siekdama jai pavestų tikslų, atlieka šias funkcijas:
- saugodama kraštovaizdį, gamtos ir kultūros paveldo vertybes:
- pagal kompetenciją vykdo prevencinę veiklą Regioninių parkų ir Direkcijai priskirtų saugomų teritorijų, „Natura 2000“ teritorijų apsaugos ir naudojimo režimo pažeidimams išvengti,dalyvauja patikrinimuose savavališkoms statyboms išvengti, teikia informaciją apie galimas savavališkas statybas;
- dalyvauja rengiant ir derinant teritorijų planavimo dokumentus, statinių projektus, žemėtvarkos, miškotvarkos, vandentvarkos projektus, priima kitus sprendimus teritorijų planavimo ir statybos srityse;
- saugo ir tvarko (prižiūri) kraštovaizdžio kompleksus, gamtos ir kultūros vertybes, organizuoja ir pagal kompetenciją įgyvendina Regioninių parkų specialiojo ir strateginio planavimo dokumentuose (planavimo schemose, gamtotvarkos planuose, tikslinėse programose, kt.) numatytas apsaugos ir tvarkymo priemones;
- derina leidžiamą veiklą Regioniniuose parkuose (pažintinio vandens turizmo schemas, plūduriuojančių lieptų, tiltų, prieplaukų projektus ir kt.);
- vertina veiklas, kurios leidžiamos Regioniniuose parkuose atlikus jų poveikio kraštovaizdžiui, gamtos ir nekilnojamosioms kultūros vertybėms įvertinimą.
- saugodama gamtinės ekosistemos stabilumą, biologinę įvairovę (unikalias ekosistemas, rūšis ir natūralias buveines):
- dalyvauja rengiant gamtotvarkos planus, kitus strateginio planavimo dokumentus, juos rengia;
- dalyvauja nustatant planuojamos ūkinės veiklos poveikio saugomoms teritorijoms ir tinklo „Natura 2000“ teritorijoms reikšmingumą, taip pat nustatyta tvarka atlieka vertinimus veiklų, dėl kurių leistinumo draustiniuose ar valstybiniuose parkuose nusprendžiama atlikus jų poveikio kraštovaizdžiui, gamtos ir nekilnojamosioms kultūros vertybėms įvertinimą;
- organizuoja tvarkymą ir (ar) tvarko Direkcijai priskirtas saugomas teritorijas bei „Natura 2000“ teritorijas- įgyvendina saugomų buveinių ir rūšių apsaugos, tvarkymo įskaitant atkūrimo priemones, numatytas strateginio ir teritorijų planavimo dokumentuose;
- nustato būtinas buveinių ir paukščių apsaugai svarbių teritorijų apsaugos priemones, sudaro apsaugos sutartis su privačios žemės savininkais;
- derina leidimus laukiniams gyvūnams, saugomoms rūšims naudoti, aptvarų, voljerų įrengimo sąlygas, priima sprendimą dėl galimybės paimti laukinius gyvūnus iš aplinkos, pritarimą reguliuoti laukinių paukščių gausą;
- sudaro prielaidas Kaimo plėtros programoms įgyvendinti „Natura 2000“ teritorijose;
- teikia išvadas valstybinių miškų ir privačių miškų vidiniams miškotvarkos projektams, derina biržių atrėžimo dokumentus, išduoda pažymas privačių miškų savininkams apie nustatytus veiklos apribojimus, leidimus įveisti mišką.
- sudarydama sąlygas moksliniams tyrimams kraštovaizdžio, biologinės įvairovės, gamtos ir kultūros paveldo apsaugos srityse:
- Regioniniuose parkuose bei Direkcijai priskirtose saugomose teritorijose ir „Natura 2000“ teritorijose vykdo kraštovaizdžio ir gamtos vertybių būklės stebėseną (monitoringą) ir taikomuosius mokslinius tyrimus, susijusius su kraštovaizdžio, gamtos bei kultūros paveldo objektų išsaugojimu, rekreacine ir kita veikla;
- vykdo gyvosios gamtos (buveinių ir rūšių) stebėseną (monitoringą) ir taikomuosius mokslinius tyrimus, susijusius su biologinės įvairovės išsaugojimu, vertina Regioninių parkų, „Natura 2000“ teritorijų, jose saugomų vertybių būklę arba organizuoja šiuos darbus;
- kaupia informaciją kraštovaizdžio kompleksų, gamtos ir kultūros paveldo vertybių, biologinės įvairovės apsaugos, teritorijos rekreacinio naudojimo ir kitose srityse;
- vertina griežtai saugomų rūšių augaviečių ir radaviečių būklę, tikrina ir teikia duomenis Saugomų rūšių informacinei sistemai apie saugomas rūšis, jų augavietes ir radavietes.
- propaguodama Aukštaitijos etnografinio regiono etnokultūros tradicijas:
- organizuoja švietėjiškus, kultūrinius renginius, propaguoja krašto materialios ir dvasinės kultūros paveldą, jo apsaugą;
- kaupia, saugo ir skleidžia žinias apie nekilnojamąjį kultūros paveldą ir jo apsaugą;
- bendradarbiauja su vietos bendruomenėmis, nevyriausybinėmis organizacijomis.
- sudarydama sąlygas rekreacijai, pažintiniam turizmui:
- skatina pažintinį turizmą, racionalų gamtos išteklių naudojimą,pritaiko teritorijas lankymui, rekreaciniam naudojimui, jas tvarko, įrengia ir prižiūri infrastruktūrą lankytojams: lauko informacinę sistemą, gamtos ir kultūros vertybių ekspozicijas, pažintinius, mokomuosius ir kitus takus, poilsiavietes bei kitą rekreacinę infrastruktūrą arba organizuoja jos įrengimą ir/ar priežiūrą;
- organizuoja lankytojų centro veiklą, aptarnauja lankytojus;
- veda ekskursijas Regioninių parkų saugomoms vertybėms, kraštovaizdžiui ir biologinei įvairovei pažinti (įskaitant gamtinius rezervatus);
- organizuoja ir (ar) teikia mokamas paslaugas, susijusias su Direkcijos veiklos tikslais ir funkcijų vykdymu.
- plėtodama gamtosauginį švietimą, propaguodama ekologinę žemdirbystę:
- vykdo gamtosauginį švietimą per Regioninių parkų vertybių pažinimą, gamtosauginius renginius, propaguoja kraštovaizdžio ir biologinės įvairovės, gamtos ir kultūros vertybių išsaugojimo svarbą;
- vykdo neformaliojo ugdymo veiklą gamtosauginėse ir kraštovaizdžio apsaugos programose, kartu su švietimo įstaigomis rengia ir vykdo jaunimo ir suaugusiųjų švietimo programas gamtos ir kultūros paveldo apsaugos srityse;
- propaguoja (skatina) ekologinės, tausojančios žemdirbystės plėtrą;
- informuoja visuomenę apie Regioninių parkų bei Direkcijai priskirtų saugomų teritorijų ir „Natura 2000“ teritorijų kraštovaizdžio ir biologinės įvairovės, gamtos ir kultūros paveldo vertybių būklę, rengiamas tikslines programas bei įgyvendinamas apsaugos ir tvarkymo priemones, numatomus Regioninių parkų apsaugos ir naudojimo režimo pakeitimus;
- teikia informaciją ir konsultuoja savo kompetencijos klausimais žemės savininkus, valdytojus, naudotojus, kitus fizinius ir juridinius asmenis.
- užtikrindama viešąjį administravimą:
- rengia Regioninių parkų apsaugos ir/ ar tvarkymo strateginius dokumentus;
- rengia ir teikia tvirtinti Valstybinei saugomų teritorijų tarnybai Direkcijos metinės veiklos ataskaitas ir metinės veiklos planus, teikia pasiūlymus Tarnybai Direkcijos finansiniams ištekliams formuoti;
- inicijuoja, rengia, įgyvendina, administruoja, dalyvauja įgyvendinant ir administruojant projektus, finansuojamus valstybės, Europos Sąjungos struktūrinės paramos, tarptautinių ir kitų fondų lėšomis;
- pagal kompetenciją vykdo planavimo iniciatoriaus funkcijas rengiant kompleksinio ir specialiojo teritorijų planavimo dokumentus bei statytojo (užsakovo) funkciją, rengiant statybų projektus Regioniniuose parkuose;
- bendradarbiauja su Valstybinės saugomų teritorijų tarnybos, Aplinkos ministerijos struktūriniais padaliniais bei jai pavaldžiomis institucijomis, Kultūros paveldo departamento prie Kultūros ministerijos teritoriniais padaliniais, Nacionaline žemės tarnyba prie Žemės ūkio ministerijos ir jos padaliniais, Valstybinių miškų urėdija ir jos padaliniais, mokslo institucijomis, kitomis valstybės ir savivaldos institucijomis bei įstaigomis, vietos bendruomenėmis, nevyriausybinėmis organizacijomis;
- pagal kompetenciją palaiko ryšius su atitinkamomis užsienio valstybių institucijomis bei tarptautinėmis organizacijomis;
- organizuoja jungtinių tarybų veiklą;
- įstatymų nustatytais atvejais ir tvarka valdo, naudoja valstybės turtą ir juo disponuoja;
- pagal kompetenciją nustatyta tvarka nagrinėja asmenų skundus, pranešimus ir prašymus.
- vykdo kitas įstatymų ir kitų teisės aktų jai pavestas funkcijas.